戻りません。リサイクル料金というのは、そもそも廃車時に必要なエアコンなどの処理（リサイクル）費用を所有者が負担するためにあらかじめ支払っておくというシステムです。そのため、車検時に発行される「リサイクル券」が、リサイクル料を支払ったという証明となり、廃車手続きの際に必要となります。
ですから、まだ車検前でリサイクル料金を支払っていない自動車を廃車にする場合は、その時点で支払うことになります。ただし、自動車リサイクル法が施行された2005年１月以降に新車を購入した場合は、購入代金にリサイクル料金も含まれていますので、あらためて支払う必要はありません。
支払われたリサイクル料金は、国の指定を受けた資金管理法人である（財）自動車リサイクル促進センターが管理しています。
参考：「すぐにわかる自動車リサイクル法」
http://www.jarc.or.jp/lesson/index.html